سپس براي تكميل دانش خويش به نجف هجرت كرد و نزد استادان بزرگ حوزه نجف ميرزا حبيب الله رشتي و شيخ راضي به تحصيل پرداخت و بعد از مدتي در درس« ميرزاي شيرازي بزرگ» شركت كرد. هيبت،‌ وقار و تيزهوشي استاد، طلبه جوان را آنچنان شيفته وي ساخت كه با هجرت ميرزاي شيرازي به سامرا ،وي نيز حوزه نجف را رها كرد و راهي سامرا شد. حضور مستمر در درس ميرزاي بزرگ و هشت سال حضور در درس شيخ راضي و ميرزا حبيب الله رشتي به همراه پشتكار و مداومت درس و تحصيل، از شيخ فضل الله مجتهدي برجسته و فقيهي نامدار ساخت.

بازگشت به ايران

ـ موقعيت حساس سياسي و اجتماعي ايران موجب شد تا شيخ فضل الله با اشاره ميرزاي شيرازي و براي هدايت و پيشوايي جامعه ايران در سال «1303 ق» روانه تهران شود. شيخ فضل الله پس از مهاجرت به تهران، به اقامه جماعت و تاليف و تدريس علوم اسلامي و حوزوي پرداخت. مهارت او در فقه و اصول و ساير علوم اسلامي وشناخت او  از مسائل روز جامعه، موجب شد تا خيلي زود مورد استقبال و توجه طلاب و روحانيان قرار گيرد.

 «مجلس درس شيخ در تهران داراي اعتبار و اهميت فوق العاده اي بود و بسياري از روحانيان به شركت در درس او مباهات داشتند و مجتهدان بسياري در حوزه درس او حاضر و اغلب علماي تهران از افادات علمي او بهره مي بردند. از چنين حوزه تعليم و تدريسي شخصيتهاي بزرگواري برخاسته اند، از آن جمله اند: حاج شيخ عبدالكريم حائري مؤسس حوزه علميه قم، ‌حاج آقا حسين قمي، آقا سيد محمود مرعشي (پدر آيت الله سيد شهاب الدين مرعشي)، علامه محمد قزويني و .....

تاثير وي در نهضت مشروطيت

ـ با قتل ناصرالدين شاه، فرزندش مظفرالدين شاه كه از علم و تدبير بي بهره بود،‌ به سلطنت رسيد. از  اين رو اوضاع كشور آشفته بود. اين اوضاع نابسامان، ملت را تحت فشار قرار داده بود،‌ مردم كه يك بار پيروزي در نهضت تنباكو را تجربه كرده بودند، درصدد تغيير وضع موجود برآمدند. از اين زمان انجمن هايي براي هدايت مبارزات مردم تشكيل شد كه مهم ترين آن انجمن مخفي بود كه بوسيله آيت الله طباطبايي اداره مي شد. در محرم سال 1323 ه.ق سخنرانان در مجالس مذهبي به انتقاد از دولت پرداختند.

در همين زمان عكس از «مسيو نوژ» بلژيكي كه در اداره گمرگ ايران كار مي كرد با لباس روحاني پخش شد. عالمان و مردم مذهبي اين عكس را توهين به جامعه روحانيت دانستند و همين موضوع موجب تظاهراتي در  بازار شد... با تحصن رهبران روحاني و مردم در حرم عبدالعظيم (ع) شاه مجبور به پذيرش خواسته هاي آنان شد (مهم ترين آنها اجراي قوانين اسلامي و ايجاد عدالتخانه بود)اما عين الدوله كه پذيرش خواسته ها قدرتش را محدود مي كرد با خواسته هاي آنها مخالفت كرد و به زندان و تبعيد عدالت طلبان پرداخت.

مردم نيز مبارزات خود را تشديد كردند. اين امر موجب هجرت روحانيان و عالمان (آيت الله طباطبائي، آيت الله بهبهاني و شيخ فضل نوري كه به حمايت از نهضت عدالتخانه به مبارزان پيوسته بود) به شهر قم شد.

تحصن در سفارتخانه انگليس

ـ با هجرت روحانيان و عالمان به قم،‌ دولت استعمار انگلستان فرصت يافت با انتشار شايعة حملة دولت به مردم ، زمينه را براي تحصن مردم در سفارتخانه اش آماده كند از پيشگامان اين تحصن حاج امين الضرب و حاجي شاهرودي و چند نفر ديگر بودند. «معروف بود كه اين آقايان از اهل فراموشخانه (فراماسونري) هستند و يك رمز و قراردادي با هم دارند».... از اين مرحله، نهضت عدالتخانه كه ماهيتي اسلامي داشت با تغيير نام، به نهضت مشروطيت مبدل شد و با حمايت دولت انگلستان به پيش رفت و روشنفكران غربزده و فراماسونهاي وابسته ،در شمار رهبران اصلي آن در آمدند.

 و بسياري از مردم نيز  بدون آگاهي از ماهيت حكومت مشروطه، از آن حمايت كردند. به دنبال پذيرش خواستهاي مبارزان عالمان و روحانيان متحصن در قم به تهران بازگشتند و فرمان مشروطيت و دستور تشكيل مجلس شوراي اسلامي به وسيلة مظفرالدين شاه صادر شد. اما متحصنين در سفارت انگلستان خواستار تغيير مجلس شوراي اسلامي به مجلس شوراي ملي شدند. و پس از گفتگو و تغيير مجلس شوراي اسلامي به مجلس شوراي ملي از سفارتخانه خارج شدند پس از آن با انتخاب نمايندگان، در روز يكشنبه هيجدهم شعبان 1324ه .ق مجلس افتتاح شد.

تدوين قانون اساسي

ـ در مورد قانون اساسي دو ديدگاه متفاوت مطرح بود. روحانيان و در رأس آنها شيخ فضل الله خواهان قانوني بودند كه بر پايه اسلام و شريعت باشد و روشنفكران غربزده و فراماسونها، قانوني همسان قوانين كشورهاي غربي مي خواستند. و اين اختلاف كه ناشي از ديدگاه فكري و اعتقادي آنها بود،‌ سرآغاز تفرقه بين دسته هاي مبارزان شد....... هر چند كه با تلاش شيخ و حمايت عالمان نجف اصل نظارت فقها با تغييراتي به عنوان اصل دوم متمم قانون اساسي تصويب شد،‌ اما او كه هر روز شاهد توهين روزنامه ها به دين و ائمه معصومين (ع) بود، دريافت كه هيچ تضميني براي اصل نظارت فقها و تطبيق با شريعت اسلام وجود ندارد، به همين دليل پيشنهاد كرد: عنوان حكومت، «مشروطه مشروعه» باشد.

 در اين ميان بسياري از عالمان و روحانيان شهرهاي بزرگ و تهران به حمايت از آراء او پرداختند، اما با  اين همه، تبليغات مشروطه طلبان چنان قوي بود و گمراه كننده بود كه جو سياسي و اجتماعي به طور كامل موافق با مشروطه خواهان بود و همين موجب شد تا جمعي خواهان تبعيد شيخ شوند و گروهي، حمله به منزل او را طرح ريزي كنند. شيخ فضل الله نيز براي اينكه پيام خود را بهتر به مردم برساند با همراهان خويش به حضرت عبدالعظيم (ع) هجرت كرد وبا  انتشار روزنامه اي به نام «لايحه» به بيان اهداف خود پرداخت.

ـ مجلس كه از افشاگري و تبليغات آنها احساس خطر مي كرد، با انتشار اطلاعيه اي اعلام كرد كه كلمة مشروطه نمي تواند چيزي مخالف با دين و احكام شرعي باشد. اين اطلاعيه كه پاسخي در حد گفتار و نوشتار به خواستهاي متحصنين بود موجب شد شيخ فضل الله و يارانش حرم را ترك كنند، و به شهر باز گردند، اما مشروطه خواهان در عمل همان مسير سابق را مي پيمودند. شيخ فضل الله نيز مشغول درس و بحث علوم اسلامي شد و چون گذشته در موضع مخالفت با مشروطه باقي ماند.

سقوط و ظهور دوباره مشروطيت

ـ با مرگ مظفرالدين شاه، محمد علي شاه كه در  روسيه پرورش يافته بود ،‌ با خوي استبدادي به سلطنت رسيد.

و با حكومتي كه براساس خواست و منافع انگلستان روي كار آمد موافق نبود. از اين رو به وسيله سربازان دولتي و قزاقان روسي به مجلس حمله كرد. عده اي از نمايندگان كشته شدند و برخي دستگير و تبعيد شدند و بساط مشروطه برچيده شد. خبر حمله به مجلس و كشتن مشروطه خواهان موجب شد تا نيروهاي شمال به رهبري سپهدار تنكابني و نيروهاي بختياري به رهبري سردار اسعد بختياري به تهران حمله كرده، شهر را به تصرف خود در آوردند.

با شكست نيروهاي دولتي و فتح تهران محمد علي شاه به سفارت روسيه پناهنده شد. فاتحان تهران مجلسي با عنوان «مجلس عالي در بهارستان» تشكيل دادند. اين مجلس محمد علي شاه را از سلطنت خلع و احمد شاه را به پادشاهي برگزيد و بقيه مناصب حكومت را ،بين خود تقسيم كردند. اكثر مشروطه خواهاني كه حكومت را بدست گرفتند از عوامل روسيه و انگلستان بودند و به اين ترتيب «حكومت و مجلس دوم هر دو، به دست فئودالها و خدمتگزاران به امپرياليسم افتاد.»........

ـ پيشنهادهاي مختلفي به شيخ فضل الله رسيد كه به جايي پناهنده شود اما هر بار با مخالفت شيخ مواجه شدند....... سرانجام مشروطه طلبان براي انتقام از شيخ فضل الله به منزل وي حمله كردند و با دستگيري و محاكمه وي او را به دار آويختند...

و پس ازحدود هيجده ماه، او را به قم بردند و در يكي از اتاقهاي صحن مطهر حرم حضرت معصومه (س) به خاك سپردند.

(تلخيص و با اندكي تصرف/ گلشن ابرار/ نشر معروف/ چاپ اول 1379/ جلد اول/ ص 419)