زماني که علي لاريجاني دبير شوراي امنيت ملي عملاً مسووليت پيگيري حل پرونده هسته يي را عهده دار شدند، ايراداتي را نسبت به خط مشي گروه مذاکره کننده سابق (حسن روحاني) داشتند. ايشان معتقد بودند که ايران «دري» را به سه کشور اروپايي فرانسه، انگلستان و آلمان اعطا و «آب نباتي» را دريافت کرده است.

يعني نسبت به موافقتنامه سعدآباد و پاريس که ايران تعليق غني سازي را پذيرفت، شديداً انتقاد داشتند و بر آن شدند تا با اتخاذ سياست نگاه به شرق، يعني داخل کردن روسيه، چين و هند به مذاکرات هسته يي ، تنها مذاکرات خود را معطوف به کشورهاي اروپايي نکنند. اين ديپلماسي با توجه به قطعنامه هاي شوراي حکام آژانس بين المللي انرژي اتمي و به خصوص دو قطعنامه شوراي امنيت سازمان ملل متحد که به اتفاق آرا به تصويب رسيد، تا حدودي حاکي از نافرجامي سياست نگاه به شرق بود.

نکته دوم، علي لاريجاني دبير شوراي امنيت ملي ايران معتقد بودند که مذاکرات بايد از طريق ديپلماسي پيگيري شود ولي موضع گيري هاي متفاوت احمدي نژاد سبب شد روند مذاکرات لاريجاني دچار خدشه شود و فرآيند ديپلماسي دولت جديد موجب شده که شرايطي پيچيده تر از گذشته پديدار شود.

به خصوص اظهارنظر مقام هاي کشورهاي اروپايي و امريکايي مثل رئيس جمهور و وزير امور خارجه فرانسه و همچنين اظهارات جرج بوش رئيس جمهور ايالات متحده امريکا موجب شده که لاريجاني خط مشي احمدي نژاد را متفاوت و مغاير با روند سياسي ايشان تلقي کند و بر آن شود که به هرحال کناره گيري کند. به دليل اينکه ايشان عهده دار اين جريان بودند و دخالت هاي ديگران که موجب خدشه دار کردن و اخلال در پروسه ديپلماسي ايشان تلقي مي شد، نادرست مي دانستند، به همين جهت براي اينکه درباره فرآيند احتمالي ايشان متصف به فرآيند نگران کننده احتمالي اين جريان دوگانه برخورد نشود، اعلام کناره گيري يا استعفا کردند.

در هر حال، استعفاي ايشان اعتراضي است به خط مشي دولت محمود احمدي نژاد.(etemaad)